Luego de que Akira fuese transferido a la Academia Shujin, en Tokio, después de que un político le demandase por un agresión inexistente al haber salvado a una mujer de ser molestada por el hombre, Akira es llevado a juicio y posteriormente es sentenciado a libertad condicional. Al llegar a Tokio, encuentra una misteriosa aplicación instalada en su teléfono que le permite ingresar a otro mundo formado por corazones corruptos de adultos donde despierta su poder llamado Persona. En ese transcurso de tiempo se le unen dos estudiantes, Ryuuji Nakamoto y Anne Takamaki, y una criatura similar a un gato que cambia de forma conocida como Morgana. Sintiéndose reprimidos por su entorno, los cuatro forman un grupo conocido como los "Ladrones Fantasmas de Corazones" para robar los corazones corruptos de los adultos y reformar la sociedad.